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Caractérisation et analyse de régions génomiques et protéines régulatrices

Le projet a pour but d’étudier les interactions entre protéines régulatrices et les séquences d’ADN du génome à grande échelle, et de générer des systèmes experts de modélisation et de prédiction par la bioinformatique.

Nous contribuons au développement de méthodes génomiques à haut débit permettant la détection de sites de liaisons de protéines régulatrices sur le DNA. Ces approches permettent de mesurer rapidement l'affinité de facteurs de transcription pour une collection de séquences de DNA in vitro, afin de corréler ces mesures avec la fonction régulatrice de ces séquences in vivo. Ces mesures permettent la prédiction de séquences régulatrices sur des génomes entiers grâce aux outils bioinformatiques générés par nos collaborateurs de l’Institut Suisse de Bioinformatique (P. Bucher et collaborateurs, C. Mazza et collaborateurs). Nos travaux ont montré que certains modèles permettent de prédire avec précision l'affinité de facteurs de transcription pour n'importe quelle séquence génétique.

Les études de ces interactions par puces à ADN (protein-binding microarrays) ont montré qu’il est possible de tester très rapidement l’activité de protéines régulatrices responsables de la cancérogenèse et de la résistance de la tumeur à des traitements pharmacologiques. Nos travaux ont montré que cette approche est applicable à l’étude moléculaire de biopsies de cancers du sein, offrant ainsi une méthode d’analyse de la progression tumorale. En collaboration avec des chercheurs et médecins du CHUV, nous évaluons actuellement certaines de ces interactions comme facteur prédictif du succès de la chimiothérapie néoadjuvante, afin d’améliorer le diagnostique des cancers du sein et le choix des meilleures approches thérapeutiques.
 

 

bioinfor.gif

Pictural representation of a profile describing the binding affinity of the human NFI protein to any DNA sequence
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