La Direction de l’École de médecine est composée de trois personnes et scindée en une Direction académique et une Direction opérationnelle.
La Direction académique est composée d’un directeur et d’un vice-directeur académiques ; tous deux sont choisis parmi les professeurs ordinaires ou associés de la Faculté de biologie et de médecine.
La Direction académique est assistée par une vice-directrice opérationnelle engagée par le Décanat. Elle est chargée de la conduite opérationnelle de l’École, notamment en termes de ressources humaines, financières, logistiques/infrastructures.