Martin Wernli a été assistant au Cedidac de 1987 à 1989.
Il est l'auteur d'une thèse intitulée "Das kaiserliche Hofgericht in Zürich : ein Beitrag zur spätmittelalterlichen Gerichtsbarkeit" (1991).
Il a obtenu en 1987 le brevet d'avocat au Barreau du Canton de Lucerne.
Actuellement, il est Président de Winterthur Gas & Diesel AG à Winterthour.