Le Musée gère une collection d'environ un million échantillons de roches, fossiles ou minéraux. Cette collection se subdivise dans les rubriques ci-dessous:
La plupart de ces rubriques contiennent aussi des collections nominales, liée à un géologue.
Ces collections totalisent plus de 1'700 types paléontologiques (les références mondiales de nouvelles espèces), plus de 2'800 espèces figurées (dont l'image a été publiée) ainsi que 90 types minéraux (le spécimen "étalon" d'une espèce minérale).
La plupart des travaux relatifs à ces collections peuvent être consultés dans le lien suivant : bibliographie des collections.
