Philipp Engel

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Version du 30 septembre 2014

Philipp Engel, professeur assistant en prétitularisation conditionnelle

Biologiste et spécialiste de l’infection microbienne, Philipp Engel s’intéresse tout particulièrement à la flore de l’intestin. Il utilise comme modèle l’abeille qui, avec ses huit espèces dans sa flore intestinale, représente un système simple pour l’étude de la symbiose hôte-microbe et ses répercussions sur la santé de l’hôte. Il a été nommé professeur assistant en prétitularisation conditionnelle au niveau de professeur associé au Département de microbiologie fondamentale de l’UNIL dès le 1er octobre 2014.

Né en 1981 et de nationalité allemande, Philipp Engel étudie la biologie moléculaire et l’informatique à l’Université de Bâle. Entre 2006 et fin 2010, il effectue sa thèse puis une année de postdoctorat au Département d’infectiologie du Biozentrum de Bâle, sous la direction du Prof. Christoph Dehio. Grâce à une approche multidisciplinaire associant le séquençage du génome, la génomique comparative et la biologie expérimentale, le jeune chercheur identifie des facteurs génétiques contribuant à l’adaptation des pathogènes à leurs hôtes. De même, la génétique combinée à la biologie structurelle, la biochimie et la bioinformatique lui permettent de découvrir un mécanisme conservé au cours de l’évolution et responsable de l’interaction de la bactérie Bartonella avec son hôte. En 2011, il obtient un financement du FNS et une bourse EMBO, lui offrant la possibilité de rejoindre le laboratoire de la Prof. Nancy Moran au Département d’écologie et de biologie de l’évolution à l’Université de Yale (USA). C’est là qu’il commence à travailler sur le microbiote intestinal de l’abeille. En effet, ne possédant que huit espèces dans sa flore, l’abeille représente un système simple pour l’étude de la symbiose des écosystèmes intestinaux. À l’aide de la génomique et d’une approche fonctionnelle, le scientifique met en lumière le rôle des bactéries de l’intestin dans le maintien de la santé des abeilles. Ses découvertes sont considérées comme extrêmement importantes dans le domaine des interactions microbiote-hôte.

En janvier 2014, le jeune chercheur remporte une bourse Ambizione du FNS qui lui permet de fonder son propre groupe au sein du Département de microbiologie fondamentale de l’UNIL. Dès le 1er octobre 2014, il a été nommé professeur assistant en prétitularisation conditionnelle au niveau de professeur associé à l’UNIL.

Dans ce cadre, Philipp Engel poursuit ses recherches sur les interactions microbiote-hôte chez l’abeille à l’aide d’une approche interdisciplinaire, combinant des outils expérimentaux et computationnels, et le long de trois axes principaux. Le premier axe de recherche consiste à déterminer l’impact du microbiote intestinal des abeilles sur deux éléments-clés de leur santé: la nutrition et la résistance aux pathogènes. Pour cela, le scientifique utilise des abeilles dénuées de leur flore intestinale et les «transplante» avec des communautés microbiennes cultivées. Le scientifique cherche également à caractériser les gènes et facteurs bactériens importants pour la symbiose des bactéries avec l’intestin de l’hôte. En effet, un léger déséquilibre dans ces interactions peut entrainer des maladies. Il prévoit notamment d’élucider le rôle d’une nouvelle bactérie, Frischella perrara, qu’il a identifiée comme étant à l’origine de certains changements dans l’intestin de l’abeille. Enfin, le chercheur étudie comment le microbiote intestinal évolue et se diversifie. Pour ce faire, il compare les variations génomiques entre les communautés microbiennes intestinales issues d’espèces d’abeilles différentes. Cette recherche, à la croisée entre biologie, bioinformatique, génomique et évolution, devrait permettre non seulement d’élucider les facteurs influençant le déclin actuel des populations d’abeilles, mais aussi de mieux comprendre le fonctionnement du microbiote humain, puisqu’il ressemble en beaucoup de points à celui de l’abeille.

Philipp Engel a publié en tant que premier auteur dans plusieurs revues scientifiques prestigieuses, comme:

  • Nature Genetics (2007),
  • PLoS Genetics (2011),
  • Nature (2012),
  • PNAS (2012),
  • FEMS Microbiology Review (2013).

Son travail a également été récompensé par plusieurs prix, notamment le Prix Amerbach de l’Université de Bâle (2012).

Le chercheur est également très impliqué dans l’enseignement: il a organisé et donné des cours de microbiologie et d’infectiologie. Il a aussi enseigné la biologie de l’évolution et l’écologie à l’Université de Yale. Depuis son arrivée à Lausanne, il est responsable des modules sur l’écologie des microbes et la signalisation.

Par: Caroline Ronzaud/Communication FBM

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