Nicolas Salamin

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© Félix Imhof, UNIL

Version du 30 août 2016

Nicolas Salamin, professeur associé

Biologiste de formation, Nicolas Salamin concentre sa recherche sur la phylogénie, l’évolution et la biologie computationnelle. Chef du groupe Phylogénie computationnelle au SIB Institut suisse de bioinformatique, il occupe une chaire CADMOS (Center for Advanced Modeling of Science) au sein du Département d’écologie et d’évolution (DEE) de l’UNIL depuis 2012. Il a été titularisé professeur associé à la Faculté de biologie et de médecine de l’UNIL dès le 1er août 2016.

La phylogénie et la biologie computationnelle sont au cœur de l’activité́ de recherche de Nicolas Salamin. Le professeur s’intéresse notamment à la reconstruction des arbres phylogéniques grâce au développement de nouveaux modèles mathématiques et de programmes informatiques permettant l'analyse de larges jeux de données sur des serveurs de calcul à haute performance.

Le scientifique cherche aussi à décrypter comment les espèces ont évolué dans le temps et dans l’espace en estimant la vitesse de spéciation et d’extinction et en modélisant les facteurs écologiques, génomiques et morphologiques impliqués dans ces processus. Le groupe de recherche de Nicolas Salamin utilise pour cela plusieurs groupes d'organismes comme les plantes néotropicales ou les poissons clown. Son troisième axe de recherche concerne le développement de méthodes permettant d’estimer les pressions de sélection exercées sur les gènes durant leur évolution et de modéliser le lien existant entre l’évolution des séquences d’ADN et des phénotypes.

Les travaux du chercheur ont été récompensés par le Prix Ernst Mayr de la Society for Systemic Biologists (2003) et le Basic Life science Research Award de la FBM/UNIL (2010). Nicolas Salamin a publié une centaine d’articles dans des revues scientifiques de référence, telles que :

  • Nature (2006, 2012),
  • Science (2010),
  • Proceedings of the National Academy of Sciences (2006, 2015).

Le jeune professeur est également membre de plusieurs sociétés savantes, dont la European Society for Evolutionary Biology et la Society for Systematic Biology. Il est par ailleurs très impliqué dans l’enseignement pré- et post-gradué et a dirigé plusieurs étudiants en Master et doctorants.

Correctif, janvier 2017:
Le Prof. Salamin a quitté le DEE et été transféré au Département de biologie computationnelle de l'UNIL dès le 1er janvier 2017.

Bio express

1974 Naissance en Suisse
1999 Diplôme de Master en biologie, UNIL
2002 Thèse en bioinformatique, Université de Dublin, Trinity College, Irlande
2002-2004 Post-doctorat dans le laboratoire du Prof. Joseph Felsenstein, Département des sciences génomiques, Université de Washington, Seattle, Etats-Unis
2004-2005 Post-doctorat dans le laboratoire du Prof. Hodkinson, Département de botanique, Université de Dublin, Trinity College, Irlande et dans le laboratoire du Prof. Savolainen, Royal Botanic Gardens, Londres, Angleterre
2005-2008 Premier assistant, Département d’écologie et d’évolution, UNIL
2008-2012 Maître assistant, Département d’écologie et d’évolution, UNIL
dès 2008 Chef du groupe Phylogénie computationnelle, Institut suisse de bioinformatique
2012-2016 Professeur assistant, Département d’écologie et d’évolution, UNIL
dès 2012 Titulaire de la Chaire CADMOS (Center for Advanced Modeling Science)
dès 2016 Professeur associé, Département d’écologie et évolution, UNIL
dès 2017 transfert au Département de biologie computationnelle de l'UNIL

Par: Caroline Ronzaud/Communication FBM

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Version du 31 août 2012

Nicolas Salamin, professeur assistant en prétitularisation conditionnelle

Nicolas Salamin, spécialiste de la phylogénétique et de la biologie computationnelle, a été nommé professeur assistant en prétitularisation conditionnelle au Département d’écologie et évolution de l’UNIL dès le 1er avril 2012.

Né en 1974, de nationalité suisse, Nicolas Salamin débute son parcours académique à l’Université de Lausanne, qu’il ponctue par un Bachelor puis un Master en biologie. En 1999, il s’exile outre-Manche pour entamer sa voie doctorale, aux Jardins botaniques royaux de Kew, proches de Londres, et au Trinity College de l’Université de Dublin (Irlande), qu’il parachève par une thèse, en 2002. L’année suivante, il rejoint en tant que chercheur le Département des sciences du génome de l’Université de Washington à Seattle (Etats-Unis), avant de retourner à l’Université de Dublin.

En 2005, il devient premier assistant et chef de groupe junior au sein du Département d’écologie et évolution de l’UNIL, avant de cumuler les titres de maître assistant et de chef de groupe dans la même unité, ainsi que la fonction de chef de groupe associé de phylogénétique computationnelle à l’Institut suisse de bioinformatique. C’est dans ce contexte qu’est intervenue sa nomination récente en tant que professeur assistant en prétitularisation conditionnelle.

Le domaine d’expertise de Nicolas Salamin se situe à la confluence de la biologie et de la bioinformatique. Le scientifique s’intéresse à la biologie de l’évolution des espèces (phylogénie, génétique des populations), l’évolution moléculaire des plantes et les mathématiques de l’évolution. Il a étudié en particulier les aspects théoriques de la reconstruction de l’arbre phylogénétique – le schéma directeur établissant les relations de parenté et les liens de descendance entre représentants d’espèces - et les applications des modèles d’évolution pour l’étude des modifications morphologiques et moléculaires des différents organismes dans le temps.

Le biologiste utilise à cette fin différents outils, dont la bioinformatique. Il développe ainsi des algorithmes susceptibles de créer des arbres phylogénétiques complets intégrants de larges séquences d’ADN, et recourt aux supercalculateurs et aux données moléculaires fournies par le séquençage pour reconstruire les ramifications jusqu’ici manquantes montrant les éventuels transferts horizontaux ou recombinaisons entre espèces.

Le chercheur étudie également de nouvelles approches au niveau de l’évolution moléculaire, par exemple en regardant comment certains gènes candidats influencent le développement des espèces – animales ou végétales - sur la durée. Grâce aux données obtenues par séquençage sur des populations vivantes, Nicolas Salamin espère ainsi améliorer les arbres phylogénétiques existants et rendre ces derniers utiles également dans des modèles macroévolutionaristes.

Par: Pascal Vermot/Communication FBM

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