Vincent Zoete

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© Félix Imhof, UNIL

Version du 12 avril 2017

Vincent Zoete, professeur assistant en prétitularisation conditionnelle

Spécialiste en modélisation moléculaire et en bioinformatique, Vincent Zoete s’intéresse tout particulièrement à la conception de médicaments et à l’ingénierie des protéines assistées par ordinateur, ainsi qu’à la médecine personnalisée en oncologie. Il a été nommé professeur assistant en prétitularisation conditionnelle au Département d’oncologie fondamentale de l’UNIL dès le 1er mars 2017.

Les progrès technologiques, notamment les méthodes de criblage à haut-débit, génèrent d’énormes quantités de données. La biologie computationnelle est donc devenue incontournable pour traiter ces données. Elle facilite également le travail de recherche des cliniciens, en particulier pour le diagnostic et la médecine personnalisée en oncologie. Dans ce contexte, Vincent Zoete s’intéresse à l’immunothérapie et à la thérapie ciblée du cancer, en particulier le mélanome. Il a contribué à mettre en place des outils de modélisation moléculaire qui ont permis de produire des inhibiteurs de l’indoléamine 2,3-dioxygénase1, mais aussi des récepteurs avec une plus grande affinité pour les cellules T2 et ciblant les antigènes du mélanome. Par ailleurs, il a développé, dans le groupe de modélisation moléculaire du SIB, plusieurs outils computationnels innovants pour la conception de médicaments, tels que SwissDock.ch qui permet de prédire le mode de liaison d’un ligand sur sa cible, SwissBioisostere.ch, la seule base de données regroupant 4.5 millions de remplacements moléculaires expérimentalement testés, SwissTargetPrediction.ch pour la prédiction des cibles potentielles de petites molécules bioactives, SwissSidechains.ch pour le «design» de protéines et de peptides, SwissSimilarity.ch pour le screening virtuel et SwissADME.ch, le seul outil en ligne capable d’estimer les propriétés physico-chimiques, pharmacocinétiques, de ressemblance à un médicament ou de toxicité d’une molécule. Ces outils en libre accès sont aujourd’hui couramment utilisés par de nombreux chercheurs et bénéficient d’une renommée internationale dans le domaine.

En parallèle de ses activités de recherche, Vincent Zoete co-dirige la plateforme de modélisation des protéines (PMF) de l’UNIL, qui a déjà mené plus de 100 projets de recherche en collaboration avec une cinquantaine de groupes académiques, cliniques et privés de la région lémanique. Convaincu du potentiel de la modélisation moléculaire en médecine personnalisée, par exemple dans le cadre de résistance à certaines thérapies et en vue de trouver le traitement le mieux adapté à chaque patient, sa vision s’inscrit parfaitement dans le projet de développement de l'oncologie dans la région, avec notamment la création du nouveau Centre suisse du cancer de Lausanne.

L’expertise de Vincent Zoete est reconnue au niveau international et a été récompensée par plusieurs financements, notamment du Centre National pour la Recherche Scientifique (CNRS), de la Commission pour la technologie et l’innovation (CTI), du Fonds National Suisse (FNS) et du secteur privé. Il est l’auteur de chapitres de livres et d'une centaine de publications dans des revues scientifiques de référence, dont Journal of Computational Chemistry (2016), Bioinformatics (2015), Front Immunology (2013), Journal of Medical Chemistry (2012) et Nucleic Acids Research (2011). Il est également très impliqué dans l’enseignement pré- et post-gradué et a supervisé plusieurs étudiants en Master et doctorant.

1Indolamine 2,3-deshydrogénase (IDO): Enzyme intracellulaire exerçant un effet immunodépressif, permettant aux tumeurs d’échapper au système immunitaire. L’IDO est donc une cible de l’immunothérapie.
2Cellules T ou lymphocytes T: Catégorie de leucocytes jouant un grand rôle dans la réponse immunitaire adaptative. La lettre «T» provient de thymus, organe où le développement de ces cellules s’achève.

Bio express

1972 Naissance en France
1995 Diplôme d’ingénieur en chimie et Master en chimie organique, Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Lille (ENSCL), France
1996 Master à la conception de médicaments («drug design»), Université de Lille II, France
1999 Thèse de doctorat en chimie organique, Laboratoire de chimie organique et macromoléculaire, Université de Lille I, France
1999-2004 Post-doctorat en modélisation moléculaire dans le groupe du Prof. M. Karplus, Laboratoire de chimie biophysique, Université Louis Pasteur-ISIS, Strasbourg, puis dans le groupe du Prof. M. Meuwly, Université de Bâle
2004-2011 Responsable de recherche, Groupe modélisation moléculaire (Prof. O. Michielin), SIB Institut Suisse de Bioinformatique, UNIL
dès 2007 Directeur scientifique de la plateforme de modélisation de protéines (PMF), UNIL
dès 2011 Directeur adjoint, puis directeur (dès 2017), du Groupe modélisation moléculaire, SIB Institut Suisse de Bioinformatique, UNIL
dès 2017 Professeur assistant PTC au Département d'oncologie fondamentale de l'UNIL et adjunct scientist au Ludwig Lausanne Branch

Par: Caroline Ronzaud/Communication FBM

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